ومراحل المعالجة هي:

1/1/1- المعالجة التمهيدية Preliminary Treatment : المعالجة التمهيدية وتعرف بأنها طرق المعالجة التي تقوم بإزالة كل المواد التي قد تسبب إعاقة ومشاكل في تشغيل وصيانة وحدات محطة معالجة المجاري المختلفة . وتشمل على مايلي: 

أ- المصافي Screens: الغرض منها حجز المواد الطافية مثل الخشب والورق والخرق وغيرها من أشياء قد تؤثر في عمليات المعالجة التالية وتستخدم أيضاً لحماية محطات الرفع . 
ب- أحواض حجز الرمال Grit Chambers: الغرض منها ترسيب المواد غير العضوية كبيرة الحجم والكثافة مثل الأتربة والرمال وكسر الزجاج والمعادن التي تصل لشبكة الصرف من الأجهزة الصحية ومياه الأمطار. 
ج- أحواض حجز الشحوم والزيوت Grease and Oil Chambers: تستخدم في بعض الأحيان حينما تحتوي مياه المجاري على نسبة مؤثرة من الشحوم والزيوت.
والمفروض أن يلتزم كل مصنع أو مؤسسة أو مطعم تحتوي مخلفاته على زيوت وشحوم بحجز هذه الشحوم والزيوت قبل تصريف مخلفاته في شبكة المجاري العمومية . ولذلك فإن استخدام أحواض حجز الزيوت والشحوم نادر في محطة معالجة المجاري ولكنه ضروري في حالة وجود هذه المواد بتركيزات كبيرة توثر على مراحل المعالجة الأخرى. 

1/1/2- المعالجة الابتدائية Primary Treatment: تشمل أساساً أحواض الترسيب الابتدائي والغرض منها ترسيب المواد الرسوبية في مياه المجاري لخفض الحمل العضوي والمواد العالقة على وحدات المعالجة البيولوجية التي تلي الترسيب الابتدائي . وفي هذه المرحلة يتم حجز حوالي 40% من الأكسجين الحيوي الممتص، وتقل وتزيد هذه النسبة حسب أسس التصميم المتبعة لأحواض الترسيب وكذلك خصائص مياه المجاري.